Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης, υπάγεται στο Πανεπιστήμιο Κρήτης και ιδρύθηκε το 1993, ενώ θεσμικά υπάρχει από το 1980. Σήμερα, το μουσείο στεγάζεται στο κτίριο της παλαιάς ηλεκτρικής Ηρακλείου το οποίο έχει παραχωρηθεί από το Δήμο Ηρακλείου στο Πανεπιστήμιο Κρήτης για το σκοπό αυτό. Περιλαμβάνει τα εξής τμήματα: ζωολογικό, βοτανικό, ανθρωπολογικό, παλαιοντολογικό, γεωλογικό, ορυκτολογικό και διαθέτει πλούσια ερευνητική εμπειρία, καθώς έχει συμμετάσχει σε παραπάνω από 86 εθνικά και ευρωπαϊκά προγράμματα. Αποτελεί το μοναδικό ίδρυμα στην Ελλάδα, το οποίο έχει διοργανώσει δεκάδες επιστημονικές αποστολές εντός χώρας και πάνω από δέκα στην Κύπρο. Δραστηριοποιείται σε θέματα διαχείρισης φυσικού περιβάλλοντος, εκπαίδευσης, περιβαλλοντικής ευαισθητοποίησης και διαμόρφωσης οικολογικών μουσείων στην Ελλάδα και τη Μεσόγειο. Εκτός από τις συλλογές και τα εργαστήρια που διαθέτει, σημαντικός στόχος του Μουσείου υπήρξε και η δημιουργία εκθεσιακού χώρου όπου το κοινό θα είχε την ευκαιρία να έρθει σε επαφή με τις συλλογές του Μουσείου και να ενημερωθεί για το φυσικό περιβάλλον.
